Prot-On puede integrarse fácilmente con los repositorios de usuarios existentes en su empresa, ya que es compatible con Active Directory (AD) y LDAP. Además, Prot-On soporta configuraciones múltiples, de modo que los usuarios pueden encontrarse en diferentes dominios ubicados en distintos bosques, incluso compaginar LDAP y AD.
La arquitectura de Prot-On permite interoperar además con usuarios de otros servidores de Prot-On (incluso con el servidor de usuarios gratuitos), por lo que es factible conceder permisos a usuarios externos de la empresa como clientes, auditores, proveedores…
